Dalam rapat kerja Komisi II DPR RI dengan Menseskab pada tanggal 27 Februari 2012 yag membahas progress report Pelaksanaan APBN TA 2011 dan Tindak Lanjut hasil pemeriksaan BPK RI TA 2011, Menseskab menyebutkan beberapa alasan tidak terserapnya anggaran pada tahun 2011. Dari total anggaran sebesar Rp. 87.356.124.000 sampai dengan 31 Desember 2011 hanya terealisasi sebesar Rp. 60.558.352.576 atau tersisa hampir 27 milyar rupiah. Menurut Menseskab, belanja barang tidak terserap semuanya dikarenakan adanya moratorium penerimaan CPNS dan adanya penataan organisasi di lingkungan Sekretaris Kabinet. Mengenai anggaran belanja pegawai yang tidak diserap dengan optimal dikarenakan tidak terserapnya belanja uang makan, uang lembur, dan uang makan lembur sebagai bagian dari kebijakan efisiensi. Efisiensi terhadap pengadaan peralatan dan mesin pun membuat tidak terserapnya anggaran Belanja modal pada tahun anggaran 2011 tersebut.
Sedangkan masalah tindak lanjut hasil pemeriksaan BPK RI TA 2011 yang menemukan tiga poin masalah dalam laporan penggunaan anggaran Seskab pada TA 2010, Menseskab menyebutkan:
Pertama, Belanja perjalanan dinas seskab TA 2010 sebesar Rp. 4.792.700 yang tidak sesuai ketentuan sebagaimana temuan BPK, Kuasa Pengguna Anggaran (KPA) Seskab telah meminta kepada yang bersangkutan untuk mengembalikan keuangan negara sebesar Rp4.792.700 tersebut.
Kedua, Sisa uang persediaan tahun 2010 di seskab yang terlambat disetor dan terlambat dipertanggungjawabkan ke KPPN sebesar Rp81.324.345, Menseneg telah memperingatkan Bendahara Pengeluaran Seskab untuk tidak mengulangi kesalahan dan meminta yang kemudian telah disetor ke kas negara sisa uang tersebut.
Ketiga, temuan yang terkait dengan Sistem Informasi Manajemen Sekretariat Kabinet, yaitu Mail Tracking dan Sistem Informasi Sidang Kabinet, yang belum dimanfaatkan tepat waktu oleh Seskab dan pembayaran biaya langsung personil dan nonpersonil yang tidak sesuai dengan perjanjian. Terhadap hal Mail Tracking, saat ini beberapa unit kerja Seskab sudah mulai menerapkan Sistem Informasi Persuratan Terpadu. Sedangkan Sistem Informasi Sidang Kabinet (SISKAB), saat ini SISKAB berbasis web sudah terpasang dan sudah dapat diakses oleh unit kerja di lingkungan Seskab.
